Οι αξιωματικοί, οι εκπαιδευτές (πλην ελαχίστων) και οι νέοι πλέον ανθυπολοχαγοί αναχώρησαν για τις Μονάδες, έτοιμοι να μεταλαμπαδεύσουν το μαχητικό πνεύμα της Σχολής. Μαζί τους και οι δευτεροετείς Ευέλπιδες, προσωρινά με τον βαθμό του Ανθυπασπιστή. Οι πρωτοετείς έλαβαν άδεια για να επανέλθουν αργότερα, στα μέσα Νοεμβρίου, και να συνεχίσουν τις σπουδές τους στη Σχολή.

Οι νίκες του ελληνικού στρατού διαδέχονταν η μια την άλλη, ο Μόραβας, το Ιβάν, η Κορυτσά, το Αργυρόκαστρο, η Κλεισούρα. Η ελληνική λεβεντιά και η λόγχη έλαμπαν στα υψίπεδα των αλβανικών βουνών.

Την 23η Απριλίου 1941, ο τότε Διοικητής της Σχολής, Ανχης (ΠΒ) Καμαρινός Ευστάθιος, ανακοίνωσε στους Ευέλπιδες τη δυσμενή τροπή του πολέμου, καθώς και την επικείμενη είσοδο των Γερμανών στην Αθήνα. Την ίδια μέρα, ο Βασιλιάς, Γεώργιος Β, και η κυβέρνηση της Χώρας αφίχθησαν στην Κρήτη για τη συνέχιση του αγώνα.

Η Διοίκηση των Αθηνών που εγκαταστάθηκε υποτυπωδώς σχεδίαζε την χρησιμοποίηση των Ευελπίδων σε αστυνομικά εντός της πρωτεύουσας καθήκοντα. Η Σχολή, όμως, πιστή στην παράδοσή της, αποφάσισε τον αγώνα και τη θυσία. Αφού κατέστη αδύνατη η κίνησή τους στις Θερμοπύλες για την ενίσχυση των εκεί μαχόμενων ελληνικών και βρετανικών τμημάτων, οι λίγοι αξιωματικοί και εκπαιδευτές μαζί με τους 300 Ευέλπιδες αποφάσισαν να ακολουθήσουν τον Βασιλιά της Ελλάδας στη νήσο της Κρήτης.

Παρά το γεγονός ότι η απόλυτη κυριαρχία των Γερμανών έδινε ελάχιστες πιθανότητες επιβίωσης από ένα τέτοιο δύσκολο ταξίδι, η εκδήλωση πατριωτισμού από την πλευρά των Ευέλπιδων ήταν τόσο μεγάλη που δεν υπολόγιζαν τους κινδύνους. Παραλαμβάνοντας τη Σημαία της Σχολής και τα όπλα, και αφού επιτάξαν αυτοκίνητα, διέσχισαν την Πελοπόννησο δια μέσω γερμανικών βομβαρδισμών. Φτάνοντας στο Γύθειο στις 26 Απριλίου, επιβιβάζονται σε πλοιάρια και εν μέσω τρικυμίας και αεροπορικών βομβαρδισμών – μετά από δυο ημέρες – φτάνουν και αποβιβάζονται στην περιοχή των Χανίων.

Εκεί συνέχισαν την εκπαίδευσή τους επί ένα σχεδόν μήνα. Όταν έδωσαν εξετάσεις και επρόκειτο να αναχωρήσουν για τις Μονάδες τους, δέχθηκαν γερμανική επίθεση. Το στρατόπεδο της Σχολής στο Κολυμπάρι Χανίων περικυκλώθηκε από Γερμανούς αλεξιπτωτιστές. Ήταν τότε που 300 Ευέλπιδες δέχτηκαν το βάπτισμα του πυρός κατά τον πλέον δραματικό τρόπο.

Μαχόμενοι εκ του συστάδην οι Ευέλπιδες προκάλεσαν σημαντικές απώλειες στον εχθρό μέχρι που τις επόμενες ημέρες υποχώρησαν συντεταγμένα στα Λευκά Όρη και τα Σφακιά, και από εκεί διέφυγαν κατά μόνας σε διάφορες κατευθύνσεις.

Η κρητική εποποιία τελείωσε για τη Σχολή. Ωστόσο, πολλοί απόφοιτοι της Σχολής συνέχισαν τον αγώνα στο Ελ Αλαμέιν, στο Ρίμινι, στα Ελληνικά βουνά, στα νησιά του Αιγαίου πελάγους και στις πόλεις. Η παράτολμη και πρωτοφανής ενέργεια των 300 Ευελπίδων ξεπέρασε τα Ελληνικά σύνορα και είχε παγκόσμια απήχηση.